یکی از علل مهم غیبت امام زمان (عج) را می توان حفظ جان آن حضرت دانست؛ بدین معنا که اگر امام غایب نمی شد او را نیز مانند دیگر امامان به شهادت می رساندند. حتی اگر پیش از موعد مناسب نیز ظاهر شود باز جان او به خطر می افتد. و لذا خداوند به وسیله غیبت، امام دوازدهم را از قتل حفظ کرده است. مگر دیگر امامان با ما و در میان ما نبودند پس چرا آنان را به شهادت رساندند؟ متأسفانه این مردم بودند که جایگاه امامان را نشناخته و قدر آنان را ندانستند. همین ناآگاهان و بی خبران بودند که امام علی (ع) را از صحنه سیاست کنار زدند و حق او را غصب کرده و سرانجام او را به شهادت رساندند.
مهم تر از همه این که جان امام زمان (عج) از سوی حکومت ها نیز تهدید می شد. بنابراین اگر از همان بدو تولد نام امام را مخفی نمی نمودند و در هنگام تولد، منزل امام عسکری (ع) تحت نظر و محاصره دشمن بود بعید نبود که امام (عج) را در همان کودکی از بین می بردند.
سید مرتضی در کتاب «الشافی» می نویسد:
«دور نیست که بسیاری از امور، هنوز به ما نرسیده و در نزد امام(عج) به امانت گذاشته شده باشد یا ناقلان اخبار آن را پنهان نموده و روایت نکرده باشند. به هر حال موجب نمی شود که تکلیف از مردم برداشته شود؛ زیرا اگر علت غیبت امام(عج) این است که وی از دشمنان امنیت جانی ندارد، کسانی که ایشان را ناچار به غیبت نموده اند، خود باعث تعطیلی احکام و دستورات دینی شده اند. همچنان که علت نبودن امام(عج) و عدم تصرف آن حضرت در امور مردم نیز، خود آن ها می باشند؛ زیرا آن ها بودند که ایشان را ناگزیر به غیبت نموده اند و اگر ترس ایشان از مردم برداشته شود، قطعاً آشکار خواهد شد و با دخل و تصرف در امور دین و دنیای مردم، لطف وجودش حاصل می شود؛ و آنچه از مردم پنهان بوده، برای آن ها آشکار می گردد و چیزی ناگفته نمی ماند.
بنابراین هرگاه امام آشکار نگردد و همچنان در پرده غیبت باقی بماند، مکلفی که طوق تکلیف را به گردن دارد، خود باعث از دست رفتن برخی از احکام دین و عدم ظهور امام(عج) و استفاده از وجود حضرتش گردیده است».
سید مرتضی، دلیل کسانی را که ظاهر نشدن امام را برای اولیا ناشی از بیم نشر خبر می دانند، کافی نمی داند؛ چون از نظر ایشان عقلای شیعه، آثار زیانبار نشر خبر ظهور را به خوبی می دانند. بنابراین امکان ندارد که چنین خبر مهمی را پخش کنند؛ به خصوص آنان می توانند این نکته را متوجه باشند که نشر خبرِ ظهور، سبب می شود که خود نیز نتوانند از وجود مبارک امام بهره ببرند.
یکی دیگر از مسائل به دلیل امر حدیث سبب امنیت آسمان و زمین و امور حفاظت از جان امام که اگر حاضر شوند خطر قتل شهادت بر ایشان باشد منجر به امور ناگوار و حوادث اموراتی در امر جهان شود یا مسائل پنهان که در امر حکمت غیبت هست.
بعضی از صاحب نظران شیعی، اصولاً ظاهر شدن امام را برای برخی اولیا مفید فایده نمی دانند. آنان منشأ غیبت را دشمنان دین تلقی می کنند عده ای پتانسیل امام غایب را بهتر میدانند تا امام حاضر و عده ای مخالفت امر و عده ای دستاویز از امورات منفعتی و استفاده ابزاری و دلایل مختلفه در متون و نظرات شیعی و عقاید شیعی و افراد مختلف هست.که اصولان به دلایل اینکه ظهور مبتنی بر اوامر و امورات پنهان هست در ادیان و عقاید نظرات مختلف و منتظرین ظهور در ادیان هر کدام منتظر ظهور منجی خود هستند.